L'actuel Grandissime Cercle des Sciences fut initialement créé en temps que Cercle des étudiants des Facultés de Sciences, en 1888. Il ne comportait à l'origine que les étudiant·e·s en Chimie, et fut rejoint par les étudiant.e.s de Pharmacie et de Médecine. En 1933, ces deux facultés créèrent leurs cercles respectifs, et le Cercle des Sciences fut renommé en Cercle de Chimie.

Le Cercle a débuté, en 1933, la publication du recueil de chansons "Les Fleurs du Mâle", sous la direction de Paul Vanderborght.